可以。狗和猪都能进行DNA鉴定，但“能鉴定”并不代表一次检测就能回答所有问题。DNA检测可以判断样本来自狗、猪还是其他动物，也可以在有参照样本的情况下识别某只狗或某头猪，还能分析同一物种动物之间的亲子关系。若想用DNA证明狗和猪之间存在父子、母子关系，则不属于通常的亲缘鉴定范围。
狗和猪分别可以鉴定什么
| 鉴定目的 | 能否进行 | 主要回答的问题 |
|---|---|---|
| 物种鉴定 | 可以 | 样本来自狗、猪还是其他动物 |
| 个体识别 | 可以 | 样本是否来自某一只指定的狗或猪 |
| 同种亲子鉴定 | 可以 | 一只狗与另一只狗，或一头猪与另一头猪，是否存在亲子关系 |
| 狗猪之间亲子鉴定 | 通常不适用 | 不同物种之间不能按普通父子关系进行判断 |
第一种情况：判断样本属于狗还是猪
如果问题是“这份毛发、组织、血液或其他生物材料到底来自狗还是猪”，可以做动物物种DNA鉴定。实验室会检测具有物种差异的遗传标记，再将结果与狗、猪等物种的参考序列进行比对。
狗和猪都拥有DNA，但两者的遗传序列存在稳定差异。检测到与狗相符的特征，只能说明样本具有犬科动物来源；检测到与猪相符的特征，则说明样本具有猪来源。这个结论属于“物种来源判断”，并不等于已经确定了具体是哪一只狗或哪一头猪。
如果样本中同时混有狗和猪的生物成分，也可以尝试进行混合物种分析。检测重点是确认其中是否存在犬源和猪源遗传物质。混合样本的复杂程度通常高于单一来源样本，最终能否进一步识别具体个体，还取决于样本中各成分的比例、完整程度和是否有可比较的参照样本。
第二种情况：确认是不是某一只狗或某一头猪
如果想判断一份样本是否来自某只指定的狗，或者某头指定的猪，就需要进行个体识别。实验室会从样本中提取DNA，建立由多个遗传位点组成的个体DNA分型，再与已知动物的口腔拭子、血液、毛根、组织等参照样本进行比较。
同一物种的不同个体，在多个遗传位点上通常会呈现不同组合。因此，合格的个体识别报告一般不会只写“DNA相似”或“DNA不同”，而会说明检测到的遗传位点、样本之间是否一致，以及这种匹配结果支持或排除样本来自同一动物的程度。
需要注意的是，单独一份狗或猪的DNA，通常只能形成一个遗传档案，不能凭空告诉检测人员它的主人、年龄、品种或完整身份。要完成个体比对，通常还需要提供已知来源的参照样本。
第三种情况：狗和猪之间能不能做亲子鉴定
如果所说的“狗和猪DNA鉴定”是指判断狗与猪之间有没有父子、母子或其他直接亲缘关系，答案通常是否定的。狗和猪属于不同的物种，具有不同的染色体组成和遗传背景，在正常生物学条件下不存在可以按普通亲子关系验证的狗猪后代。
DNA亲子鉴定的基本逻辑，是将子代的遗传标记分别与候选父母进行对应。狗的遗传标记应当能够由犬类亲本解释，猪的遗传标记则应当由猪类亲本解释。即使狗和猪在某些DNA片段上存在远缘相似性，也只能说明生物之间具有共同的进化基础，不能把这种相似性当作父子关系证据。
因此，狗的样本和猪的样本可以同时送检，但检测目的应当表述清楚：是要确认物种、区分混合来源，还是分别建立两只动物的个体DNA档案。若直接提出“狗和猪是否有亲子关系”，实验室通常会先判断这种问题是否具备适用的生物学和检测条件。
样本类型会影响能否得到清晰结果
DNA鉴定并不是只取到一根毛就一定能够完成。常见可用材料包括血液、口腔细胞、肌肉或其他组织、带毛囊的毛发，以及保存条件较好的生物斑迹。含有较完整细胞的样本，往往比来源不明、数量很少或已经严重降解的材料更容易提取到有效DNA。
毛发是否带有毛根、样本是否受到其他动物或人的DNA污染、保存时间和保存条件如何，都会影响检测质量。没有毛根的脱落毛发有时仍可用于部分检测，但可获得的信息可能受到限制。混合样本、热处理样本和长期暴露的样本，也可能只能完成物种层面的判断，无法稳定完成个体比对。
送检前应先明确想得到哪一种结论
“狗和猪能进行DNA鉴定吗”可以得到肯定回答，但更准确的问法应当是以下三类之一：第一，样本究竟来自狗还是猪；第二，样本是否来自某一只指定动物；第三，某只狗与另一只狗，或某头猪与另一头猪之间是否存在亲缘关系。
这三类检测使用的遗传标记、参照样本和报告结论并不完全相同。只要检测目的明确，实验室才能选择合适的方法。简单来说，狗和猪都可以做DNA鉴定；可以判断物种，也可以分别进行个体和同种亲缘分析，但不能把不同物种之间的遗传相似性直接解释成狗猪之间存在正常的父子或母子关系。